Система менеджмента качества внедрена в ЧГУ в марте 2008 года (область применения – образовательная деятельность в сфере высшего образования). В мае 2008 года ЧГУ успешно прошел сертификационную проверку соответствия системы менеджмента качества требованиям стандарта ИСО 9001:2000 Ассоциацией по сертификации «Русский Регистр».

В мае 2009 года университет успешно прошел инспекционный контроль и расширил область сертификации на образовательную деятельность в сфере послевузовского и дополнительного образования.

В июне 2011 года ресертификационная проверка подтвердила, что система менеджмента качества ЧГУ соответствует требованиям стандарта ИСО 9001:2008 в отношении проектирования, разработки и осуществления образовательной деятельности в сфере высшего профессионального, послевузовского профессионального и дополнительного образования (независимо от формы обучения и условий освоения образовательных программ, в соответствии с областью лицензирования и государственной аккредитации).